استقلال در لیگ سیزدهم عملکردی کاملا ناموفق داشت. این تیم در جدول رده‌بندی آن مسابقات بین سه تیم نخست قرار نگرفت، از گردونه پیکارهای جام حذفی کنار رفت و در لیگ قهرمانان آسیا هم در همان مرحله گروهی حذف شد.
پس از پایان مسابقات لیگ سیزدهم، جیلوید ساموئل بازیکن خارجی و فقید استقلال طی مصاحبه‌ای که چهارم اردیبهشت سال ۹۳ در خبرورزشی منتشر شد، از تاکتیک‌های امیر قلعه‌نویی به عنوان یکی از عوامل ناکامی استقلال یاد کرد! بعد از این صحبت‌ها بود که زمزمه جدایی او مطرح شد و البته در نهایت هم تابستان سال ۹۳ به پیکان پیوست.
