حمید استیلی مدیرتیم ملی کشورمان پس از جلسه با دراگان اسکوچیچ گفت: درباره دو دستیار او یعنی کریم باقری و مهرداد خانبان، نظر نهادهای نظارتی این است که مربی باید در یک جا باشد. آنها باید یا در پرسپولیس باشند یا تیم ملی. طبق صحبتی که با این دو مربی داشتم، قرار است تا دو روز دیگر به ما خبر بدهند. باید بیایند و صحبت کنیم تا یا تیم ملی را انتخاب کنند یا پرسپولیس؟ هر دو از مربیان ارزشمند و افرادی هستند که برای تیم ملی زحمت کشیده اند. قرار است اسکوچیچ یک دستیار کروات هم به کادرفنی تیم ملی اضافه کند.
کریم باقری قبل از اعزام تیم ملی فوتبال ایران به مسابقات انتخابی جام جهانی در بحرین، با درخواست دراگان اسکوچیچ و تایید شهاب‌الدین عزیزی خادم به عضویت کادرفنی تیم ملی در آمد. او در یک سال گذشته در هنگام برگزاری اردوها از تمرینات پرسپولیس جدا و به تیم ملی ایران ملحق می‌شد و نقش او را چیزی ما بین سرپرست و مربیگری در تیم ملی می‌دانستند که قرار است نظم و انضباط در هنگام اردوها را به خاطر شخصیت کاریزماتیک خود حفظ کند.
با این حال، بعد از انتشار اعداد و ارقام دریافتی رفقای رییس و اعضای فدراسیون فوتبال و تیم ملی در دوران ریاست شهاب‌الدین عزیزی خادم، شائبه دریافت دستمزد ۱۰۰ میلیون تومانی برای هر مسابقه از سوی کریم باقری مطرح شد که برای برخی غیر قابل پذیرش بود.
ظاهرا هیئت رئیسه فدراسیون فوتبال مخالف عقد چنین قراردادی با کریم باقری آن هم به عنوان فردی دو شغله هستند! برهمین اساس مطالبات کریم باقری و مهرداد خانبان از سوی فدراسیون فوتبال پرداخت نشده است. شنیدیم هر یک از این دو حدود یک میلیارد تومان از فدراسیون فوتبال بابت بازی‌ها و پاداش تیم ملی طلبکارند اما این رقم پرداخت نشده و نمی‌شود!
برهمین اساس کریم باقری و مهرداد خانبان تصمیم گرفته اند قید همکاری با اسکوچیچ را زده و فقط در تیم باشگاهی خود پرسپولیس به فعالیت خود ادامه دهند.
