فرهاد مجیدی در روزهای پایانی شهریور سال ۱۳۸۸ از امیر قلعه‌نویی انتقاد کرد. همین مصاحبه و انتقادات او موجب شد سرمربی اسبق استقلال که هم‌اکنون هدایت تیم ملی را بر عهده دارد و در پاییز سال ۸۸ سرمربی سپاهان به حساب می‌آمد، طی مصاحبه‌ای که دوم مهر همان سال منتشرش کردیم در مقام دفاع از خود بربیاید. قلعه‌نویی در این رابطه گفت: فرهاد مجیدی امروز علیه من مصاحبه کرده و قطعا طی روزهای آینده علیه مربیان فعلی و مسئولان باشگاه استقلال حرف خواهد زد؛ همان‌طور که در دوران سرمربی‌گری فیروز کریمی و مربیان قبلی هم همین حرف‌ها را می‌زد.

قلعه‌نویی ادامه داد: فرهاد مجیدی مدعی شده که من فوتبال او را نابود کرده‌ام؛ اگر این‌طوری است پس چرا طی ماه‌های اخیر او به تعداد انگشتان دست به من زنگ زده و مشورت گرفته؟ توصیه من به فرهاد این است که حقش را در زمین فوتبال بگیرد و زیاد دنبال این نباشد تا حرفی که به او می‌گویند را تکرار کند.