کریم باقری در آبان سال ۱۳۸۲ در ۲۸ سالگی و اوج فوتبالش پس از ناکامی تیم ملی در راه صعود به جام جهانی ۲۰۰۲ از تیم ملی خداحافظی کرد، اما پس از ۷ سال و بازی‌های درخشان این هافبک، علی دایی او را بار دیگر به تیم ملی دعوت کرد و در ۲۹ آبان سال ۱۳۸۷ با گل باقری تیم ملی از سد امارات در رقابت‌های مقدماتی جام جهانی ۲۰۱۰ گذشت ولی بعد از مدت زمانی شاهد افت محصوصی از سوی کریم باقری در رقابت‌های لیگ برتر و حتی لیگ قهرمانان آسیا بودیم و خود این بازیکن با مشورت با علی دایی تصمیم به کناره‌گیری از تیم ملی گرفت.
دایی هم با درخواست باقری موافقت کرد و اعلام کرد به خاطر فشردگی بازی‌های لیگ برتر و لیگ قهرمانان آسیا به تیم ملی دعوت نمی‌شود و در آینده اگر آمادگی لازم را کسب کرد، به تیم ملی باز خواهد گشت.
اما خود کریم باقری در گفتگوی اختصاصی با خبرورزشی که در روز ۲۲ اسفند سال ۱۳۸۷ به چاپ رسید اینگونه توضیح داد: به هر حال شرایط سن و سالم را که می‌دانید؛ فشردگی بازی‌های لیگ برتر لیگ قهرمانان آسیا و بازی‌های تیم ملی در چند ماه اخیر فشار زیادی را به من وارد کرده و از نظر بدنی افت کرده‌ام، به همین دلیل با خود علی داری مشورت کردم تا بیشتر استراحت کنم. من از تیم ملی خداحافظی نکردم بلکه با توجه به شرایط جسمی هم سرمربی تیم ملی فرصت استراحت و بازسازی خواستم
مسابقه کاپیتان اسبق تیم ملی را در دهه ۸۰ مشاهده می‌کنید:
