یکی از کاندیداهای بزرگ و مطرح برای برعهده گرفتن هدایت استقلال در فصل آینده لیگ برتر حضورش در تیم ملی را تا حد زیادی مرهون زحماتی است که یکی از چهره‌های بزرگ استقلال برایش کشید. نکونام از سال ۷۷ هنگامی که عضو ثابت تیم ملی جوانان بود در فوتبال ایران مطرح شد و بیژن ذوالفقارنسب او را در پاس به عنوان بازیکن ثابت به میدان فرستاد.
کاپیتان اسبق تیم ملی، تابستان سال ۷۸ هنگامی که آبی‌پوشان تحت هدایت مرحوم منصور پورحیدری آماده برگزاری جدال دوستانه با ژاپن می شدند به اردو فراخوانده شد و خیلی ها تصور می کردند با توجه به جوانی و اینکه عضو استقلال یا پرسپولیس نیست فقط برای خط خوردن فراخوانده شده است اما منصور خان پای این جوان ایستاد و نه تنها جواد را به توکیو برد تا کنار سایر ملی‌پوشان باشد بلکه چند ماه پس از آن نام این بازیکن را در فهرست مسافران دانمارک و آمریکا هم قرار داد تا جای پای این بازیکن در جمع ملی‌پوشان سفت شود.
نکونام بارها از منصور پورحیدری تمجید کرده و تاکید دارد اعتماد پدر استقلال در تیم ملی به او واقعاً کمک شایان توجهی کرد.
