رابطه امیر قلعه‌نویی و محمد مایلی‌کهن طی سالیان اخیر هیچ‌وقت گرم نبوده و حتی کار به محاکم قضایی هم کشیده شده است.
این دو چهره سرشناس استقلال و پرسپولیس که در هدایت تیم ملی نیز وجه اشتراک دارند، همین حالا هم با هم خوب نیستند و کار به واسطه شکایت قلعه‌نویی از مایلی‌کهن به دادگاه کشیده شده است. اتفاقا و دقیقا ۱۵ سال پیش این دو نفر با یکدیگر درگیری شدید لفظی پیدا کردند. مایلی‌کهن پس از مسابقه فوق‌العاده جنجالی سایپا و استقلال در روز ۲۷ فروردین ۱۳۸۸ بیانیه‌های بسیار تندی علیه امیر قلعه‌نویی منتشر کرد که موجب شد سرمربی‌گری تیم ملی را از دست بدهد و قلعه‌نویی هم به حرف‌های او واکنش نشان داد و تاکید کرد قضیه را از طریق دادگاه دنبال می‌کند.
در چنین شرایطی روز چهاردهم اردیبهشت سال ۱۳۸۸ کلاس دانش‌افزایی برای مربیان فوتبال ایران برگزار شد و بسیاری از سرمربیان آن زمان لیگ برتر در این کلاس شرکت کردند. محمد مایلی‌کهن هم جزو مدعووین بود و بلافاصله پس از دیدن قلعه‌نویی بابت ماجراهای بازی استقلال و سایپا به شدت اعتراض کرد که با برخورد متقابل امیر مواجه شد و گروهی از همکاران این دو نفر برای پایان دادن به این جدال لفظی وارد عرصه شدند. این ماجرا در آن مقطع به یکی از مهم‌ترین سوژه‌های فوتبال ایران تبدیل شد و حتی دامنه‌اش به رسانه‌های فارسی‌زبان خارج از کشور نیز کشید.
