کریم باقری کار خود را در دنیای مربیگری با پرسپولیس شروع کرد و در دوران طلایی پرسپولیس که به پنج بار قهرمانی متوالی این تیم تبدیل شد، در تمامی این موفقیت‌ها حضور داشته است. او که کمک شایانی به برانکو، کالدرون و گل‌محمدی کرده بود برای چهار بازی حساس ایران برای صعود به دورنهایی انتخابی جام جهانی، کنار دراگان اسکوچیچ روی نیمکت تیم ملی نشست.
حال اینطور که معلوم است اسکوچیچ و فدراسیون از این همکاری کوتاه خوشنود شده و قصد ادامه کار با کریم باقری را دارند. در همین خصوص شهاب الدین عزیزی خادم، رئیس فدراسیون فوتبال در برنامه فوتبال برتر توضیحاتی را داد.
او گفت: با آقای باقری یک صحبت‌های ابتدایی انجام دادیم و طی روزهای آینده مذاکرات نهایی می‌شود و فدراسیون فوتبال مشتاق است که کریم باقری کنار تیم ملی باشد و علاقه‌مندیم با توجه به بازی‌های حساس پیش رو دائم در تیم ملی باشد و ایشان از نظر اخلاقی، مدیریتی و فنی به تیم ما کمک می‌کنند.
حال باید دید سرانجام تکلیف کریم باقری چه خواهد شد و او بعد از این همه سال از کادرفنی قرمزها جدا می‌شود و یا مانند چهار دیداری که روی نیمکت تیم ملی نشست، پس از اتمام فیفادی به اردوی پرسپولیس باز می‌گردد.
نظر فدراسیون بنا برصحبتهای عزیزی خادم به حضور دائم باقری است اما از باشگاه پرسپولیس هنوز واکنشی در این باره منتشر نشده و احتمال نارضایتی بخشی از هواداران هم وجود دارد.
