یکی از اتفاقاتی که پس از روی کار آمدن مصطفی آجرلو تحت عنوان مدیرعامل در استقلال رخ داد، تغییر سرپرست این تیم بود. بهرام امیری که چند روز قبل از بازی با الهلال سرپرست استقلال شده و جانشین نصرالله عبداللهی گشته بود، حالا این سمت را از دست داد تا بیژن طاهری بازیکن و مربی اسبق آبی‌پوشان سمت فوق را در اختیار بگیرد.
در واقع فرهاد یکی از دستیاران قدیمی خود را حالا تحت عنوان سرپرست کنار دستش می بیند و اتفاقاً از باب هماهنگی و رفاقت مشکلی هم با او ندارد. استقلالی ها برای انتخاب سرپرست جدید، چهار گزینه را مدنظر قرار داده بودند که در نهایت پیرامون یکی از آنها با سرمربی خود به توافق برسند ظاهراً علاوه بر بیژن طاهری، بهتاش فریبا و ستار همدانی نیز از جمله کسانی بودند که مدیران جدید باشگاه تحت عنوان سرپرست روی آنها نظر داشتند ولی سرمربی آبی‌پوشان از میان آنها ترجیح داد طاهری را انتخاب کند و به همین خاطر مربی چند سال قبل استقلال حالا تحت عنوان سرپرست با این باشگاه دوباره همکاری می کند.
بیژن طاهری در بهار سال ۹۸ پس از برکناری وینفرد شفر از سرمربیگری استقلال و روی کار آمدن فرهاد مجیدی، تحت عنوان دستیار با او کار میکرد و رابطه طرفین همواره خوب بوده است.
