علی کفاشیان در خصوص اینکه سالهای قبل چگونه مجوز حرفه‌ای سرخابی ها صادر می‌شد، اظهار داشت: این بخش در زمان قبل هم به باشگاهها ابلاغ می‌شد و AFC به ما مهلت می‌داد تا این مشکلات را حل کنیم. فکر می‌کنم AFC و بخش‌هایی که نظارت داشتند مدت زیادی را صبر کردند و در آخر تصمیم گرفتند که سرخابی‌ها را از لیگ قهرمانان حذف کنند. مواردی بود که نیاز به مجوز دولت داشت اما این کارها انجام نمی‌شد.

وی افزود: محروم شدن پرسپولیس و استقلال از آسیا از لحاظ مالی و غیره به نفع ما و فیفا نیست. این موضوع بهترین فرصت برای باشگاه‌ها است تا به سمت ساختار حرفه‌ای بروند و قوانین لازم را اصلاح کنند. مدیران باشگاه‌ها نباید به فکر بازی های تیم باشند. فکر نمی‌کنم در هیچ ساختار حرفه‌ای دو تیم زیر نظر یک نفر باشد و ساختارهایی مانند بحث مالکیت و حق پخش و مباحث مالیاتی باید درست شوند.

رئیس سابق فدراسیون فوتبال ادامه داد: وقتی شخصی مالکیت یک باشگاه را برعهده می‌گیرد باید طی یک یا دو سال ببیند که اوضاع چگونه است. آنها می‌توانند در باشگاه خود آکادمی تشکیل دهند و برای آنها وقت بگذارند و این اشتباه است که مدیران باشگاه‌ها به دنبال تیم هستند و با مربیان تیم درگیر می‌شوند و این زیبنده باشگاههای فوتبال ما نیست. زمانی که در فدراسیون دوومیدانی بودم زمینی در آفتاب انقلاب گرفتیم و قصد ساخت آن را داشتیم. این زمین ۷۷ هزار متر بود و آن را به پرسپولیس دادیم و با توجه به این که کسی به این زمین حتی  نگاه نمی کرد به زمین دوومیدانی تبدیل شد. مدیر باید به فکر ساختار باشگاه باشد. 

کفاشیان در مورد انتقاد یکی از پیشکسوتان فوتبال که گفته بود اگر علی کفاشیان در چهار سال اول نتوانست این مشکلات را حل کند پس چرا دوباره این مسئولیت را برعهده گرفت عنوان کرد: یکسری کارها دست رئیس فدراسیون نیست و ما آنچه در توانمان بود انجام دادیم تا کارها به درستی پیش برود. برای مثال زمانی که تیم خارجی به مسابقه در مشهد آمده بود درها را بسته بودند و اجازه ورود به آنها ندادند و یا اجازه ورود به کسی در آزادی را هم نمی دادند، در این شرایط هیچ کاری از دست رئیس فدراسیون برنمی‌آید. رئیس فدراسیون تلاش می کند که کارها رو به جلو برود.

وی که با رادیو تهران گفت و گو می کرد، در خصوص اینکه اگر اساسنامه فدراسیون فوتبال تصویب نشود، این موضوع باعث می شود که کل فوتبال ما از ریل خارج شود، گفت: متأسفانه در آینده جام جهانی را در پیش داریم وقطعا اگر این مشکلات حل نشود جلوی ما را برای حضور در جام جهانی می‌گیرند. همین اتفاق برای پرتغال هم رخ داده بود و فیفا به آنها اعلام کرده بود اگر مشکلاتتان حل نشود نمی‌گذاریم به جام جهانی بروید. از همین الان باید هشدارهای لازم را به مسئولان بدهیم. فیفا می‌تواند در حوزه خود مخالفت کند، همانطور که در فدراسیون فوتبال مجمع می‌تواند یک باشگاه و یک عضو را تعلیق کند و نمی تواند در تشکیلات فدراسیون و فوتبال بیاید،  فیفا هم می‌تواند اعلام کند اگر مشکلاتتان حل نشود نمی توانید در مقابل تیم های خارجی قرار بگیرید.