شجاع خلیل زاده اولین بار زمان سرمربیگری کارلوس کیروش به تیم ملی دعوت شد و در چند بازی مقدماتی جام جهانی ۲۰۱۴ برزیل هم حضور داشت. در آستانه جام جهانی اما کیروش شجاع را خط زد تا شاهد اعتراض شدید و مصاحبه تند خلیل زاده علیه کارلوس کیروش باشیم.
مربی پرتغالی نه تنها شجاع را به جام جهانی و بعد از آن به جام ملت‌های آسیا در سال ۲۰۱۵ نبرد، بلکه در بهترین سال‌های فوتبالی خلیل زاده هم او را به تیم ملی دعوت نکرد. شجاع بعد از آمدن به پرسپولیس بهترین نمایش‌ها را ارائه کرد ولی باز هم جایی در لیست کیروش نداشت تا چند سالی پشت خط بماند.
شجاع در این سال‌ها در اکثر مصاحبه‌هایش به کیروش کنایه می‌زد و از هرفرصتی برای انتقاد از او استفاده میکرد. حتی در جریان درگیری‌های شدید برانکو و کیروش، شجاع طرف برانکو بود و علیه کیروش موضع می‌گرفت.
بعد از جدایی کیروش، شجاع در زمان ویلموتس هم به تیم ملی دعوت نمی‌شد ولی با آمدن اسکوچیچ، خلیل زاده نه تنها به تیم ملی بازگشت، بلکه در یک بازی بازوبند کاپیتانی تیم ملی را به بازو بست. شجاع در کنار کنعانی زادگان به مهره‌های دفاعی ثابت تیم ملی تبدیل شدند و انصافا هم عملکرد بسیار خوبی داشتند.
خلیل زاده و کنعانی زادگان به واسطه چند سال بازی در پرسپولیس، تیم ملی و هم اکنون در الاهلی، خیلی با هم هماهنگ هستند و خیلی‌ها معتقدند، این دو باید در کنار هم در جام جهانی فیکس بازی کنند و تیم ملی باید از هماهنگی این دو بازیکن نهایت استفاده را ببرد. بعد از جدایی اسکوچیچ و بازگشت کیروش، خیلی‌ها فکر می‌کردند شجاع جایی در لیست کیروش نخواهد داشت و رنگ جام جهانی را نخواهد دید.
طی روزهای گذشته گمانه زنی در خصوص آینده شجاع در تیم ملی زیاد شد و بعضی‌ها به جد معتقد بودند، با توجه به مصاحبه‌های خلیل زاده علیه کیروش و حمایت‌های او از اسکوچیچ، شجاع دیگر به تیم ملی دعوت نمی‌شود. پیشبینی که به نظر می‌رسد، غلط از آب در خواهد آمد و شجاع یکی از نفرات دعوت شده به تیم ملی برای اردوی اتریش خواهد بود. آنطور که مشخص است، کیروش قصد ندارد به اختلافات قدیمی دامن بزند و با دعوت از شجاع برای اردوی اتریش، می‌خواهد ثابت کند برایش وضعیت فعلی بازیکنان مهم است.
خلیل زاده به جرات جزو بهترین مدافعان فعلی فوتبال ما محسوب می‌شود و کیروش هم می‌خواهد از این موضوع به نفع تیم ملی نهایت استفاده را ببرد و شجاع را به تیم ملی دعوت کند. در اردوی داخلی تیم ملی مدافعان میانی مثل پورعلی گنجی، آغاسی، فلاح، آرمین سهرابیان حضور داشتند ولی از بین این نفرات فقط مرتضی پورعلی گنجی شانس حضور در جام جهانی را دارد. به غیر از مرتضی، محمد حسین کنعانی زادگان، شجاع خلیل زاده و مجید حسینی مدافعانی هستند که احتمالا در لیست نهایی کارلوس کیروش قرار خواهند گرفت.
