در فصل نهم لیگ برتر امیر قلعه نویی هدایت تیم سپاهان را برعهده گرفت و در اولین دیدار فصل برابر استقلال مدعی قهرمانی تن به شکست یک بر صفر داد. بعد از این شکست انتقادها از وی بالا گرفت که مرد بازی‌های بزرگ نیست اما خودش چنین اعتقادی ندارد.
او در مصاحبه اختصاصی با خبرورزشی در روز ۱۸ مرداد سال ۱۳۸۸ اینگونه توضیح داد: این برد را به هواداران و کادر فنی استقلال تبریک می‌گویم در کل ما در بازی نسبت به آبی پوشان برتر بودیم اما در یک ضدحمله گل خوردیم ضمن اینکه در ضربات آخر نیز بدشانس بودیم، متاسفانه داور پنالتی ما را هم نگرفت اما با این حال از عملکرد تیم رضایت ندارم و از هفته چهارم به بعد می‌توانیم در مورد سپاهان قلعه نویی حرف بزنیم.
سرمربی آن دوره زرد پوشان سپاهان در ادامه خاطرنشان کرد: هنوز تا پایان فصل تعداد زیادی بازی باقی مانده است و به دوستان پیشنهاد می‌کنم تا پایان فصل منتظر بمانند. با یک برد به تیمی جام نمی‌دهند و تا پایان فصل منتظر بمانید تا ببینید جام دست چه کسی خواهد بود. فصل گذشته با استقلال هفدهم جدول هم بودیم ولی قهرمان شدیم، اکنون هم می‌گویم سپاهان مدعی اول قهرمانی است.
گفتنی است سپاهان در پایان فصل هشتم با امیر قلعه نویی توانست قهرمان لیگ برتر شود.
مسابقه امیر قلعه نویی و در دهه ۸۰ را مشاهده می‌کنید:
