کریم باقری در تراکتورسازی دیده شد و در کشاورز پیشرفت کرد به طوری که پرسپولیس و استقلال هر دو به صرافت افتادند تا او را جذب کنند. منصور پورحیدری سرمربی وقت استقلال باقری را می‌خواست اما امیر عابدینی که مدیرعامل پرسپولیس بود با پیشنهاد مالی بهتر ستاره نقل و انتقالات آن سال را جذب کرد تا استقلال در خرید باقری ناکام بماند. به جرات می‌توان گفت اگر عابدینی نبود باقری به استقلال نزدیک تر از پرسپولیس بود اما در نهایت آقا کریم به پرسپولیس رفت و بعدها با علی دایی راهی آرمینا بیلفیلد آلمان شدند.
کریم باقری با این که یک بازیکن دفاعی بود اما از نظر آماری دومین گلزن تاریخ ایران است و یکی از بازیکنان تاثیرگذار تیم رویایی سال ۹۸ که هنوز خیلی‌ها این تیم را بهترین تیم تاریخ ایران می‌دانند. باقری البته در لباس مربیگری توفیق زمان بازیگری را نداشته چون اصلا دوست ندارد سرمربی شود و دستیار بودن را ترجیح می‌دهد.
