اگر استقلال در این فصل از بازی‌ها قهرمان لیگ برتر نشود کمترین انتقاد به جواد نکونام وارد است، به این خاطر که استقلال ابتدای فصل بهترین مهره‌هایش را در فاز تهاجمی و تدافعی از دست داد و باشگاه در جذب مهره‌های جایگزین موفق نبود و بیشتر نفراتی که جواد نکونام برای باشگاه لیست کرد راهی تیم‌های دیگر شدند. به طوری که می‌شود یک تیم منتخب از نفراتی که سرمربی استقلال می‌خواست و آبی پوش نشدند، درست کرد. باشگاه با اشراف به این موضوع در ابتدای فصل اعلام کرد اگر استقلال با جواد نکونام سیزدهم هم شود از این مربی حمایت خواهد کرد.

 با همه این اوصاف به نظر استراتژی جواد نکونام در استقلال قهرمانی در این فصل از بازی‌ها است. تیم او رو به جلو و از همه مهمتر سختکوش بازی می‌کند و به دنبال دست یابی به جام‌هایی است که فصل گذشته به یک قدمی آن رسیده بود اما نتوانسته بود فتحش کند.

مدل مربیگری این فصل جواد نکونام ما را به یاد برانکویی می‌اندازد که در یک فصل مهره‌های تاثیر گذارش را از دست داد اما نه گلایه و نه صحبت از بازیکنان رفته کرد و در نهایت با تیمش قهرمان شد. همان فصلی که مهدی طارمی محروم شد. وحید امیری و فرشاد احمدزاده اردوی تیم را به منظور حضور در یک تیم خارجی ترک کردند و برانکو مجبور به میدان دادن به بازیکنانی چون احسان علوان‌زاده، آدام همتی و ... شد.

جواد نکونام این فصل در استقلال همانند برانکوی چند سال پیش با کوهی از مشکلات مواجه شد اما تا پایان هفته یازدهم از همه موانع به سلامت عبور کرد و تیم او اکنون در شرایطی در صدر جدول قرار دارد که در بازی با ذوب آهن هم تا آستانه پیروزی پیش رفت و با گل به خودی دو امتیاز حساس را از دست داد. به نظر در قاموس مربیگری جواد نکونام از حرکت ایستادن به خاطر مشکلات جایی ندارد. او تیمی ساخته که سختکوش است و رو به جلو فوتبال می‌کند و اکنون یاد گرفته همیشه باید بهترین باشد و باید برای هدفش بجنگد.