رابطه فرهاد مجیدی با کادر مدیریتی باشگاه استقلال در اوایل بهمن سال ۸۹ به‌شدت تیره شد طوری که علی فتح‌الله‌زاده مدیرعامل وقت باشگاه استقلال مصاحبه کرد و گفت رضایت‌نامه فرهاد آماده است. همین حرف کافی بود تا مجیدی هم مصاحبه تندی علیه مدیران باشگاه استقلال انجام بدهد و کار به انتشار رسیدِ چک‌های پرداختی به فرهاد در سایت رسمی باشگاه کشیده شد. در نهایت استقلال بیانیه داد و تاکید کرد مجیدی به خاطر عدم شرکت در تمرینات، مبلغ ۳۰میلیون تومان جریمه شده و اگر بخواهد همچنان غیبت کند، مراتب به کمیته انضباطی فدراسیون فوتبال گزارش خواهد شد.

در این میان فرهاد هم ابتدا سر تمرین نرفت تا قضیه حسابی بیخ پیدا کند ولی خبرورزشی روز چهاردهم بهمن سال ۱۳۸۹ با انتشار گزارشی از بازگشت مجیدی خبر داد. فرهاد روز سیزدهم بهمن آن سال در تمرین حضور یافت و پس از روبوسی با تک‌تک اعضای کادر فنی دوباره مشغول به تمرین شد. از قرار معلوم پرویز مظلومی سرمربی وقت استقلال توانسته بود پس از یک گفت‌وگوی طولانی با مجیدی او را راضی به حضور دوباره در تمرینات کند و ماجرای اختلافش با علی فتح‌الله‌زاده هم دیگر در آن فصل رسانه‌ای نشد.

مجیدی در ادامه لیگ دهم کمک قابل ملاحظه‌ای برای استقلال بود تا نایب قهرمانی در آن مسابقات را کسب کند.