پس از این‌که محمد رویانیان مدیرعامل وقت باشگاه پرسپولیس در هفته اول بهمن سال ۱۳۹۲ از این باشگاه جدا شد، وزارت ورزش به علی پروین حکم مدیرعاملی موقت پرسپولیس را داد و این اتفاق در زمانی به وقوع پیوست که پرسپولیس مشکلات مالی فراوانی داشت و حتی در مقطعی کار به اعتصاب بازیکنان هم کشید.
البته علی پروین اواسط بهمن برای بازیکنان صحبت کرد ولی مشکل حل نشد و قرار بر این گردید که او همراه با علی دایی سرمربی وقت سرخ‌پوشان به وزارت ورزش بروند تا در حضور امیررضا خادم معاون وزیر ورزش که مامور رسیدگی به شرایط استقلال و پرسپولیس شده بود، مشکلات پرسپولیس را حلاجی کنند. در جریان این جلسه میان پروین و دایی بر سر مشکلات تیم و شکل مقابله با آن‌ها اختلاف نظر ایجاد شد و طرفین با یکدیگر به‌طور جدی در حضور خادم بحث کردند. بحثی که البته در نهایت چندان هم به جایی نرسید.
پروین تا اوایل بهار سال ۹۳ مدیرعامل پرسپولیس بود اما پس از آن کنار رفت.
