اگرچه آندرانیک تیموریان در حال حاضر یکی از دستیاران امیر قلعه‌نویی در تیم ملی محسوب می‌شود اما رابطه این دو نفر در نیمه دوم سال ۹۳ و بهار ۹۴ اصلا خوب نبود به طوری که تیموریان طی مصاحبه‌ای آتشین که اول اردیبهشت سال ۹۴ با خبرورزشی انجام داد به‌شدت سرمربی و کادر فنی استقلال را مورد انتقاد قرار داد. با هم گزیده‌ای از حرف‌های آندرانیک تیموریان را می‌خوانیم:
- طی این مدت که از استقلال رفته‌ام هرگز علیه این تیم حرفی نزدم ولی نمی‌دانم چرا کادر فنی ناکام استقلال به هر کسی که از این تیم می‌رود حمله می‌کنند!
- در تمام زمانی که بازیکن استقلال بودم به آقای شاهرخ بیانی احترام گذاشتم اما وقتی ایشان علیه من مصاحبه کرد واقعا عصبانی شدم. آقایان در استقلال نباید به خاطر پول توجیبی هر حرفی را بزنند!
- مربی استقلال به من گفت چون پول نگرفتی برای استقلال بازی نمی‌کنی! من اگر می‌خواستم به خاطر پول در استقلال بمانم، طور دیگری رفتار می‌کردم. آندرانیک تیموریان به خاطر استقلال طی دو فصل از بالغ بر ۲میلیارد تومان گذشت.
- نمی‌دانم چرا کادر فنی استقلال همیشه دنبال مقصر است. در مورد خود من می‌گفتند آندرانیک تیموریان نمی‌خواهد استقلال جام بگیرد! مگر من جادوگرم که چنین توانایی داشته باشم؟! از استقلال رفتم چون شخصیت من را نشانه گرفته بودند. شاید باورتان نشود ولی در قرارداد من دست برده بودند اما به خاطر استقلال حرفی نزدم.
- ناکامی استقلال به خاطر مربیان این تیم است نه بازیکنانش
تونل زمان دیگری از همین روز: اولین قهرمانی استقلال در لیگ برتر/ مهمان عجیب و غریب جشن قهرمانی آبی‌ها در ورزشگاه آزادی
