استقلال تا پنجمین دوره رقابت‌های لیگ برتر در حسرت فتح این پیکارها باقی مانده بود و همین مسئله هوادارانش را حسابی اذیت می‌کرد اما سرانجام در بهار سال ۱۳۸۵ طلسم قهرمان نشدن استقلال در عرصه پیکارهای لیگ برتر شکسته شد و آبی‌پوشان با کاپ قهرمانی پنجمین دوره این مسابقات عکس یادگاری گرفتند.
فصل پنجم پیکارهای لیگ حرفه‌ای در حالی استارت خورد که پرسپولیس دچار مشکلات نتیجه‌گیری و اختلافات داخلی گردید و از کورس قهرمانی دور ماند. در چنین وضعیتی استقلال همراه با پاس و سایپا مثلث فتح لیگ پنجم را تشکیل دادند. البته سایپا نیز در هفته‌های پایانی از این جمع فاصله گرفت تا کار به جدال در هفته آخر بکشد.
استقلالی‌ها در واپسین هفته لیگ پنجم باید از برق شیراز پذیرایی می‌کردند و اگر این تیم را شکست می‌دادند تحت هر شرایطی قهرمان می‌شدند. اهمیت مسابقه به گونه‌ای بود که چیزی حدود ۱۰۰هزار نفر از هواداران استقلال خودشان را به ورزشگاه آزادی رسانده بودند و شاگردان امیر قلعه‌نویی با ارائه یک نمایش فراموش‌نشدنی حریف شیرازی را چهار بر یک شکست دادند و یک قهرمانی مقتدرانه برای طرفدارانشان به ارمغان آوردند.
پس از این‌که مسابقه به پایان رسید اتفاقات عجیبی در ورزشگاه آزادی به وقوع پیوست و بی‌نظمی در برگزاری جشن قهرمانی بیداد می‌کرد به طوری که یک سوارکار حرفه‌ای که همزمان با برگزاری مسابقه استقلال بیرون از ورزشگاه ۱۰۰هزار نفری مشغول تمرین بود، ناگهان با اسب خود وارد محوطه پیست تارتان شد و شروع به چرخیدن کرد!
کمتر از چهار ماه پس از این پیروزی و قهرمانی امیر قلعه‌نویی هدایت تیم ملی را بر عهده گرفت. تصمیمی که شاید اگر تجربه الان را داشت در آن مقطع اتخاذ نمی‌کرد.
