جواد نکونام هم اکنون تحت عنوان سرمربی توانسته استقلال را در صدر جدول رقابت‌های لیگ برتر نگاه دارد و اگر این روند را طی سه بازی بعدی هم حفظ کند، دقیقا مانند امیر قلعه‌نویی و فرهاد مجیدی به چهره‌ای تبدیل خواهد شد که هم در مقام بازیکن و هم در قالب سرمربی توانسته با آبی‌پوشان پایتخت قهرمان لیگ شود.
نکونام نیمه اردیبهشت سال ۹۲ تحت عنوان بازیکن با استقلال قهرمانی در لیگ دوازدهم را جشن گرفت اما کمتر از ۲۰ روز پس از آن اتفاق شیرین، به شدت از رفتاری که مدیریت باشگاه با او انجام داده بود عصبانی شد و حرفهای تندی بر زبان آورد.
سرمربی کنونی استقلال که در آن مقطع یکی از ارکان خط میانی این تیم و همچنین تیم ملی فوتبال کشورمان بود، دوم خرداد سال ۹۲ در مصاحبه‌ای تند با انتقاد از رفتار مدیران باشگاه استقلال گفت: به حرمت نام استقلال و هواداران این باشگاه طی همه این چند ماه حرفی نزدم تا تمرکز تیم بر هم نخورد. در روز قهرمانی هم چیزی نگفتم تا شادی به کام هواداران تلخ نشود اما واقعیت امر این است که آقایان مدیر در استقلال از هفته پنجم رقابت‌های لیگ برتر هرگاه که به آن‌ها زنگ می‌زنم تا پیگیر مطالباتم شوم، تلفن من را جواب نمی‌دهند. این همه مدت صبر کردم و حرفی نزدم ولی رفتارشان اصلا خوب نیست به همین خاطر با صراحت می‌گویم در چنین فضایی دیگر برای استقلال بازی نخواهم کرد و نمی مانم!
حرفهای جواد نکونام موجب شد تا مدیران باشگاه استقلال برای حل مشکل کاپیتان تیم ملی به تکاپو بیفتند و بالاخره او را راضی کردند تا در لیگ سیزدهم هم پیراهن آبی را بر تن کند. البته حتما به خاطر دارید که جواد در میانه لیگ سیزدهم حرفهای از استقلال جدا شد.
