رابطه علی دایی با ناصر حجازی همیشه عالی بود و شهریار فوتبال ایران همواره تاکید دارد که ناصرخان نقش بسزایی در پیشرفت او داشت.
علی دایی بیست‌ودوم مرداد سال ۱۳۸۷ در واکنش به انتقاداتی که امیر قلعه‌نویی از سبک آماده‌سازی تیم ملی و شکل استفاده از بازیکنان استقلال در این تیم انجام داده بود، پاسخ خاصی را به سرمربی وقت استقلال داد و گفت: هنگامی که بازیکن تیم ملی بودم، همیشه با تمام وجود برای این تیم به میدان رفتم و تحت عنوان سرمربی باشگاهی هم اولویت را به موفقیت تیم ملی می‌دادم. رسیدن به جام جهانی ۲۰۱۰ هدف همه ماست و تمام تیم‌های باشگاهی باید کمک کنند تا تیم ملی ایران که هم‌اکنون من هدایتش می‌کنم (تابستان سال ۱۳۸۷) به این مهم دست پیدا کند. آقای قلعه‌نویی جوش استقلال را می‌زند ولی ما باید منافع تمام فوتبال ایران را در قالب تیم ملی مد نظر قرار بدهیم. مگر می‌شود استقلال فقط به یک بازیکن وابسته باشد (منظور علی دایی وحید طالب‌لو بود) چطور وقتی می‌برند حاصل کار خودشان است اما وقتی نتیجه نمی‌گیرند پای تیم ملی وسط می‌آید؟ یادمان باشد که ایشان سرمربی استقلال است ولی استقلال فقط برای او نیست. اگر قرار باشد استقلال متعلق به کسی باشد، قطعا افرادی همچون ناصرخان حجازی، اصغر حاجیلو و... حق و نقش بیشتری دارند.
به طور کلی رابطه قلعه‌نویی و علی دایی در آن مقطع چندان خوب نبود و طرفین حتی یکی، دو بار مصاحبه‌های تلویزیونی هم علیه یکدیگر داشتند اما پس از عزل شهریار از هدایت تیم ملی در فروردین ۱۳۸۸، امیر قلعه‌نویی جزو اولین افرادی بود که از او حمایت کرد.