شفر که مهر ماه سال ۱۳۹۶ به استقلال پیوست و تا اردیبهشت سال ۹۸ سمت مربیگری این تیم را بر عهده داشت، سال‌ها قبل از آن برای سرمربیگری تیم ملی کشورمان مد نظر قرار گرفته بود.
رضا افتخاری مدیرعامل اسبق باشگاه استقلال در این رابطه ادعای جالبی را مطرح کرد و گفت:
هنگامی که شفر سرمربی استقلال شد، من مدیرعامل بودم و خودم زمینه برای حضورش در این تیم را فراهم کردم. شاید باورتان نشود ولی او مدعی بود پیشنهادی به ارزش یک میلیون و پانصد هزار دلار از فوتبال چین دارد اما ما او را با ۴۰۰ هزار دلار به استقلال آوردیم. البته شفر را کاملاً از قبل می‌شناختم چون در دوره ریاست آقای صفایی فراهانی که دبیرکل فدراسیون بودم، این مربی برای هدایت تیم ملی فوتبال ایران مد نظر قرار گرفته بود و در موردش تحقیق کرده بودیم ولی شرایط برای عقد قرارداد با او در آن مقطع فراهم نشد.
به احتمال فراوان منظور رضا افتخاری از مذاکرات در دوره صفایی فراهانی به زمستان سال ۱۳۷۶ برمی‌گردد. مقطعی که فدراسیون دنبال یک سرمربی بزرگ برای هدایت تیم ملی ایران در جام جهانی ۱۹۹۸ می‌گشت و در نهایت آن زمان سراغ تومیسلاو ایویچ رفت.هرچند که خود او هم قبل از جام جهانی برکنار شد!