انتقال مجتبی فخریان به پرسپولیس از همان ابتدا با جنجال همراه بود. بخش عمده حاشیه‌ها مربوط به قرارداد و مبلغ رضایتنامه این بازیکن بود. از سوی دیگر، گفته می‌شود فخریان در لیست مدنظر کارتال، سرمربی پرسپولیس، قرار نداشت و خرید او بیشتر تصمیمی مدیریتی بوده تا فنی. این موضوع باعث شد هواداران در فضای مجازی واکنش‌های تندی نشان دهند.
به این ترتیب، انتقال فخریان به پرسپولیس نه‌تنها یک خرید ساده نبود، بلکه به پرونده‌ای پر از ابهام درباره مبلغ رضایتنامه، قرارداد و دخالت مدیران در خرید بازیکن تبدیل شد؛ ماجرایی که هنوز هم در بین هواداران و رسانه‌ها بحث‌برانگیز است.
نکته عجیب ماجرا این است که باشگاه پرسپولیس ۱۵ میلیارد تومان بابت رضایتنامه فخریان پرداخت کرد، در حالی که او قراردادی با باشگاه شمس آذر نداشت. شنیده‌ها حاکی از آن است که بعد از رسانه‌ای شدن ماجرا و جنجال‌های ایجاد شده، مدیرعامل پرسپولیس با ارسال نامه‌ای به باشگاه شمس آذر خواستار برگرداندن مبلغ واریزی شد و خواسته است مبلغ ۱۵ میلیارد تومان به حساب پرسپولیس بازگردانده شود.