استقلال در زمستان سال ۸۵ با یک فاجعه مدیریتی مواجه شد و بهخاطر عدم ارسال بهموقع اسامی بازیکنان خود از حضور در لیگ قهرمانان آسیا سال ۲۰۰۷ محروم شد.
کنفدراسیون فوتبال آسیا ۲۷ بهمن سال ۱۳۸۵ این خبر را اعلام کرد و قضیه در نیمه اسفند همان سال قطعی شد تا امیر قلعهنویی سمت خود تحت عنوان ریاست سازمان فوتبال استقلال را از دست بدهد (قلعهنویی آن زمان علاوه بر هدایت تیم ملی فوتبال ایران، رئیس سازمان فوتبال باشگاه استقلال هم بود)؛ اما سازمان تربیت بدنی نیز در ۱۶ اسفند ۱۳۸۵ حکم کرد تا تمام اعضای هیئت مدیره این باشگاه بهطور دستهجمعی استعفا بدهند! این قاعده شامل مقداد نجفنژاد، مدیرعامل وقت باشگاه استقلال هم شد تا استقلال دچار یک بحران عجیب شود.
بعد از این اتفاق برای مقطع کوتاهی شخصی به نام محمدرضا بهمنی سرپرست باشگاه استقلال شد و بهار سال ۸۶ علی فتحاللهزاده دوباره به این مجموعه بازگشت و بر صندلی مدیرعامل نشست.
بیشتر بخوانید: ۳ نفر برای هدایت تیم ملی کاندیدا شدند/ علی دایی: هرکس لابی قویتری داشته باشد سرمربی میشود