یکی از عجیبترین تحولات در تیم ملی ایران، اول اردیبهشت ماه ۱۳۸۸ رقم خورد و محمد مایلیکهن بعد از فقط ۱۷ روز تصدی سمت سرمربیگری این تیم و بدون برگزاری حتی یک مسابقه رسمی و دوستانه، این پست را از دست داد.
اختلافات میان محمد مایلیکهن و امیر قلعهنویی بعد از بازی حساس و جنجالی ۲۷ فروردین ۱۳۸۸ به اوج خود رسید و حاجیمایلی که در آن مقطع به صورت همزمان هدایت سایپا و تیم ملی را بر عهده داشت، با انتشار یک بیانیه تند مدعی شد عدهای به هواداران استقلال خط دادند تا علیه او شعار سر داده شود. او همچنین قهرمانی استقلال در جام حذفی سال ۸۷ را نیز مورد سوال قرار داده و آن را مشکوک دانست.
این رفتار اصلا به مذاق فدراسیون علی کفاشیان خوش نیامد و این نهاد ابتدا به مایلیکهن تذکر داد که جنگ را تمام کند ولی تداوم آن از طرف مایلیکهن باعث شد تا فدراسیون فوتبال در اول اردیبهشت ۱۳۸۸ حکم به پایان همکاری با سرمربی تیم ملی داده و او را بعد از ۱۷ روز و بدون برگزاری هیچ مسابقهای عوض کند!
البته در همان زمان این شایعه مطرح بود که فدراسیون فوتبال اساسا تمایل زیادی به استفاده از مایلیکهن به عنوان سرمربی تیم ملی نداشت و به همین خاطر دنبال فرصت یا بهانهای بود تا همکاری با او را خاتمه دهد.
بیشتر بخوانید: مذاکرات شبانه در منزل فرهاد مجیدی/ حاضر نیستم در این شرایط سرمربی استقلال شوم