کریم باقری را باید مهم‌ترین جداشده پرسپولیس در شروع لیگ بیست‌وسوم خواند که به دلایلی نامشخص راهش از یحیی گل‌محمدی جدا شد. رضا درویش مدیرعامل باشگاه پرسپولیس اما توضیح جالبی در این خصوص داد و گفت: من نقش باقری را نادیده نگرفتم. او با ما قرارداد نداشت و یک عضو جدید را به کادرفنی اضافه کردیم. یک همفکری بین باشگاه بود. سال آینده نیز احتمال دارد یک تا ۲ بازیکن ما از گردونه بازی به بازنشستگی برسند. همه آن‌ها نیز قابل و تاثیرگذار هستند. یک روزی علی پروین بازیکن و مربی بود و بعدش فقط مربی شد اما نمی‌توانستیم تا ابد او را نگه داریم.
این جملات به معنای پایان همکاری کریم باقری با پرسپولیس و آغاز دستیاری جدی سیدجلال حسینی در این تیم بود. هرچند گل‌محمدی با صراحت خواستار تمدید قرارداد کریم باقری شد، اما اصرارها بی‌فایده بود و این چهره مطرح از پرسپولیس جدا شد.
حالا گفته می‌شود یک تیم لیگ برتری به کریم باقری پیشنهاد سرمربیگری داده اما ظاهرا او نپذیرفته است
پیش از شروع لیگ و پس از کشمکش‌های میان باشگاه پرسپولیس و کریم باقری بر سر تمدید یا عدم تمدید قرارداد، اخباری مبنی بر پیشنهاد دو تیم لیگ برتری به این چهره شناخته شده، مطرح شد. خود کریم باقری در این رابطه گفت: هر چیزی باید با سلسله‌مراتب خودش جلو برود و این‌طور نیست که وقتی پیشنهادی داده شود خیلی سریع آن را قبول کنم.
