استقلال در روزهای پایانی سال ۹۱ توانست تراکتور را در ورزشگاه آزادی شکست بدهد و همان برد نقش بسیار مهمی برای قهرمان شدن استقلال در لیگ دوازدهم حرفه‌ای ایفا کرد. البته آن پیروزی در حالی حاصل شد که جواد نکونام روی نیمکت قرار داشت و قرار نگرفتنش در ترکیب اصلی بازتاب وسیعی پیدا کرد و البته فوق‌العاده تعجب‌برانگیز بود.
نکونام در مسابقه مذکور به جای خسرو حیدری وارد زمین شد و تک‌گل استقلال را نیز به ثمر رساند اما حتی این گل نیز نتوانست از ناراحتی کاپیتان اسبق تیم ملی و سرمربی کنونی آبی‌پوشان کم کند به همین خاطر پس از بازی در جمع بازیکنان استقلال با گلایه از آن وضعیت گفت: فوتبال ایران در قیاس با گذشته خیلی فرق کرده؛ وقتی من در پاس بازی می‌کردم بازیکنان حرمت بزرگتر را حفظ می‌کردند اما حالا یک عده در استقلال طوری زیرآب من را پیش امیر قلعه‌نویی زده‌اند که در چنین مسابقه حساسی من را نیمکت‌نشین کرد.
نکونام در جلسه تمرینی پس از بازی با تراکتور دقایقی را به صورت خصوصی با دستیاران امیر قلعه‌نویی مشغول گفت‌وگو شد و این ماجراها روز ۲۱ اسفند سال ۹۱ در خبرورزشی منتشر گردید.
