یکی از شروط کریم باقری برای ادامه همکاری با تیم ملی حضور همزمان در کادر فنی تیم پرسپولیس است و البته این جدا از شرط مالی دستیار یحیی گل‌محمدی است. 

این موضوع البته نه ضربه‌ای به تیم ملی می‌زند و نه به تیم پرسپولیس. به این خاطر که تمرینات تیم پرسپولیس و تیم ملی با هم تداخل ندارد و تمرینات تیم پرسپولیس در زمان اردوی تیم ملی و هم چنین بازی‌ها از سوی حمید مطهری قابل طراحی و اجراست.

در این بین یک قانون مهم است که باید برای ادامه همکاری تیم ملی با کریم باقری نقض شود. در فدراسیون فوتبال قانونی وجود دارد که بر مبنای آن هیچ یک از اعضای کادر فنی تیم‌های ملی حق همکاری با تیم‌های باشگاهی حتی به صورت مشاور را ندارند. در زمان مدیریت مهدی تاج هم بحث ملحق شدن کریم باقری با تیم ملی مطرح شد که این قرارداد همکاری شکل نگرفت به این خاطر که کریم باقری حاضر به رها کردن تیم پرسپولیس نشد. او این بار هم در شرایطی حاضر به همکاری با اسکوچیچ شد که به همکاری خود با تیم پرسپولیس هم ادامه دهد. 

باید منتظر ماند و دید که نظر اعضای هیئت رئیسه در این باره چیست؟ آنها برای ادامه همکاری با کریم باقری ضمن اجابت خواسته‌های مالی این مربی باید قانون فعلی فدراسیون فوتبال را نادیده بگیرند. در غیر این صورت حضور کریم باقری در کادر فنی تیم ملی منتفی می‌شود. نظر اسکوچیچ در مورد ادامه همکاری با کریم باقری مثبت است. 

تیم ملی شهریور ماه بازی‌های خود را در دور نهایی انتخابی جام جهانی آغاز خواهد کرد و این بازی‌ها فروردین ماه سال آینده به پایان می‌رسد و با توجه به تعداد بازی‌های تیم ملی (۱۰ مسابقه) کریم باقری مدام باید بین تمرینات پرسپولیس و تیم ملی در رفت و آمد باشد.