با عقد قرارداد آریا برزگر با نساجی، فصل نقل و انتقالات برای استقلالی‌ها چالشی‌تر شده و بعد از این اتفاق این ابهام مطرح شد که آیا این بازیکن با هماهنگی با سرمربی استقلال راهی شمال شده یا پای مسائلی دیگر در میان بوده است. البته در این خصوص پای مسائل مالی و درخواست جدید باشگاه برای کاهش رقم قرارداد این بازیکن نیز در میان بوده اما این درحالی است که برخی رسانه‌های نزدیک به معاون رسانه‌ای باشگاه در خبری اعلام کردند: «مدیران استقلال برای کاهش هزینه‌هایشان قرارداد برزگر را امضا نکردند تا بتوانند یک مهاجم باکیفیت برای استقلال جذب کنند.»
بااین‌حال جدایی برزگر موضوعی بود که با ناراحتی نکونام همراه شد و شنیده می‌شود این سرمربی از این انتقال که به‌صورت ناهماهنگ با وی انجام شده، دچار شوک و عصبانیت شده است. جالب اینکه یکی از مربیان استقلال نیز به‌تازگی در این مورد در مصاحبه‌ای با تایید این خبر اعلام کرده: «کادر فنی در جریان جدایی این بازیکن نبود و نکونام هم به‌شدت بابت این اتفاق ناراحت و عصبانی است. باشگاه به ما گفته که برزگر بدون گرفتن رضایتنامه از استقلال جدا شده ولی از یک‌طرف هم شنیدیم که او بعد از توافق با باشگاه به نساجی رفته است و نمی‌دانیم حرف چه کسی را باور کنیم. نکونام روی جذب بازیکنان جوان تاکید داشت ولی ما متاسفانه برزگر را از دست دادیم.»
طبق شنیده‌ها گویا باشگاه استقلال بعد از مطلع شدن از عصبانیت و ناراحتی سرمربی این تیم در این خصوص واکنش نشان داده و گویا در نامه‌ای اعتراضی نسبت به غیرقانونی بودن انتقال برزگر به نساجی و بازگشت او به جمع شاگردان نکونام نساجی تاکید می‌کنند.
