یحیی گل‌محمدی در دو مقطع سرمربیگری پرسپولیس را عهده‌دار شده است. او بار نخست در حالی که دستیار مانویل ژوزه بود از ۲۰ آذرماه سال ۱۳۹۱ تا پایان رقابت‌های آن فصل به عنوان نفر نخست نیمکت، تیم را هدایت کرد. او برای بار دوم از ۲۳ دیماه ۱۳۹۸، هدایت تیم را برعهده گرفت که تاکنون ادامه دارد. او طی سه سال و نیم فعالیت در دوره اخیر هدایت سرخپوشان، سه کاپ قهرمانی لیگ خلیج فارس، یک کاپ قهرمانی جام حذفی، دو کاپ قهرمانی سوپرجام و یک حضور در فینال لیگ قهرمانان آسیا را در کنار یک سه گانه لیگ، حذفی و سوپر جام، برای پرسپولیس به ارمغان آورد. او همچنین در کنار برانکو بخشی از پروژه اولین پوکر و اولین گلات قهرمانی در تاریخ لیگ سراسری فوتبال ایران شد.
یحیی گل‌محمدی در مجموع دو دوره، تاکنون در ۱۶۰ مسابقه رسمی داخلی و آسیایی هدایت سرخپوشان ایران را برعهده داشته است که از این حیث بعد از علی پروین و برانکو ایوانکوویچ قرار می‌گیرد. البته او با رکورد ۱۷۵ مسابقه برانکو فاصله چندانی ندارد ولی با وجود تعداد بازی‌های کمتر فقط با سه امتیاز دیگر به رکورد امتیازی برانکو خواهد رسید و آماده عبور از آن خواهد شد. یحیی این هفته در تبریز به رکورد ۹۹ پیروزی برانکو در پرسپولیس رسید و حالا فقط با برتری در یک مسابقه دیگر به رکورد ۱۰۰ پیروزی می‌رسد.
قبل از این، تنها علی پروین توانسته است در تاریخ باشگاه از این عدد بگذرد و البته بسیاری رکوردهای او با توجه به سال‌های زیاد حضور به عنوان بازیکن و سرمربی پرسپولیس دست نیافتنی به نظر می‌رسد.
