کریم باقری در اواسط آبان ماه سال ۱۳۹۰ به تمرینات پرسپولیس اضافه شد و با درخواست حمید استیلی سرمربی وقت این تیم در کنارشان قرار گرفت تا کمک حال کادر فنی پرسپولیس باشد. آقاکریم که همواره به صراحت لهجه معروف است، طی مصاحبه‌ای که نهم آذر ماه سال ۱۳۹۰ در خبرورزشی منتشر شد، به دو نکته خیلی مهم اشاره کرد و ترجیح داد حرف‌هایش را سانسور نکند. مربی سابق پرسپولیس که در آن مقطع تاکید می‌کرد هیچ سمتی را قبول نمی‌کند و فقط به حساب رفاقت با حمید استیلی در تمرینات حاضر می‌شود، صریح گفت شرایط پرسپولیس دشوار است و استیلی برای عبور دادن تیم از بحران کار فوق‌العاده سختی را پیش روی خودش دارد. او در مورد دربی استقلال و پرسپولیس که در دهه دوم آذر سال ۹۰ باید برگزار می‌شد، حرف نزد و تاکید کرد فعلا نباید به آن مسابقه پرداخت و قضیه را بیش از حد حساس کرد.
نکته فوق‌العاده مهم در این مصاحبه آن‌که کریم باقری از برخی تماشاگران پرسپولیس با صراحت انتقاد کرد و گفت: من رفتار گروهی از تماشاگران و شکل اعتراض آن‌ها را اصلا نمی‌پسندم به نظر من این تماشاگران الکی به پرسپولیس اعتراض می‌کنند! به طور کلی من از ابتدای فصل ندیده‌ام هواداران پرسپولیس آن‌طور که باید، از تیمشان حمایت بکنند.
هواداران پرسپولیس که به شکل کنار گذاشتن علی دایی از تیمشان در بهار سال ۱۳۹۰ معترض بودند، از تابستان همان سال و بلافاصله پس از شروع یازدهمین دوره رقابت‌های لیگ برتر، با تشویق علی دایی، اعتراض خودشان را در خلال برگزاری دیدارهای پرسپولیس به گوش کادر فنی و مدیریتی باشگاه رساندند.
