چند باشگاه از استقلال شکایت کرده‌اند و مدعی شده‌اند استقلال از سقف قرارداد عبور کرده است اما تحقیقات کمیته انضباطی به این‌جا ختم شده است که استقلال جز آنچه در قراردادها قید شده قرارداد مضاعف با بازیکنانش امضا نکرده است و قراردادهای ثبت شده در سازمان لیگ هم به اندازه سقف تعیین شده از سوی سازمان لیگ بوده است.
البته که تخلفاتی از سوی تیم استقلال صورت گرفته است. ثبت قرارداد سعید مهری به ارزش ۱۶۰ میلیون تومان یا پرداخت پول به مهدی هاشمی نسب پیش از اینکه قراردادش ثبت شود. باشگاه استقلال در توضیحاتش گفته است قرارداد سعید مهری بعد از کسر قراردادها از سوی بازیکنان اصلاح شده است و قرارداد مهدی هاشمی نسب نیز در نهایت ثبت شد و پرداختی های قبلی به وی جزو قرارداد بوده است.
پیش از این کمیته انضباطی از سپاهان ۴ امتیاز و از تیم پرسپولیس یک امتیاز کسر کرده بود.
