شجاع خلیل‌زاده در دوران کارلوس کیروش پس از اینکه از جمع مسافران جام جهانی ۲۰۱۴ خط خورد، علیه سرمربی وقت تیم ملی مصاحبه کرد و خیلی‌ها مدعی‌اند دلیل اینکه ۴ سال پس از آن هم پشت خط تیم ملی ماند، همین مسئله بوده است. البته او در دوره کوتاه‌مدت سرمربیگری مارک ویلموتس نیز دعوت نشد و خودش در گفت‌وگوی اختصاصی با خبرورزشی ادعای عجیبی پیرامون دعوت‌نشدنش به تیم ملی مطرح کرد.
شجاع خلیل‌زاده هشت بهمن سال ۹۸ به خبرورزشی گفت: در مورد مارک ویلموتس باید بگویم به او برای انتخاب بازیکنان تیم ملی لیست می‌دادند و در واقع فهرستی که این مربی تحت عنوان مدعوین به تیم ملی اعلام می‌کرد، لیست خودش نبود! البته قضیه فقط به ویلموتس برنمی‌گردد و من سال‌هاست در لیست سیاه تیم ملی هستم!
خلیل‌زاده که هم اکنون در معیت تیم ملی به جام ملت‌های آسیا رفته در ادامه مصاحبه بهمن ۹۸ خود مدعی شده بود حتی اگر فردین هم باشد به تیم ملی دعوت نمی‌شود! البته شجاع بدون اینکه در قالب مرحوم محمدعلی فردین فرو برود یا اینکه به پرسپولیس بازگردد، حالا همراه تیم ملی است.
