استقلال در اواخر فروردین سال ۸۸ تا حد قابل ملاحظه‌ای از قهرمانی در هشتمین دوره رقابت‌های لیگ برتر ناامید شده بود و با توجه به شکل رفتار میان امیر قلعه‌نویی و امیررضا واعظی‌آشتیانی مشخص بود که امیر در لیگ نهم هدایت آبی‌پوشان را بر عهده نخواهد داشت. در چنین شرایطی لوکا بوناچیچ، سرمربی اسبق سپاهان و فولاد خوزستان به تهران سفر کرد و همین مسئله سوژه ویژه‌ای برای گزارش و مصاحبه خاص خبرورزشی شد که ۲۶ فروردین سال ۸۸ منتشر کردیم.
بوناچیچ در آن گفت‌وگو با خبرورزشی مدعی شد اگرچه هنوز استقلال به او پیشنهاد سرمربی‌گری نداده ولی اگر چنین اتفاقی رخ بدهد و و ببیند نگاه حرفه‌ای بر این پیشنهاد و باشگاه استقلال حاکم است، قضیه را به طور جدی دنبال می‌کند و شاید سرمربی استقلال هم بشود.
بوناچیچ پس از جدا شدن امیر قلعه‌نویی گزینه استقلال بود اما در نهایت صمد مرفاوی این سمت را عهده‌دار شد.
