علیرضا منصوریان روز ۲۹ شهریور سال ۱۳۹۶ از مربی‌گری استقلال استعفا داد و این باشگاه فردای همان روز با کناره‌گیری او موافقت کرد تا آبی‌ها دوباره وارد پروسه انتخاب سرمربی شوند. در چنین شرایطی اسامی فراوانی مطرح شد و بدیهی بود که نام‌های دهان‌پرکنی بر سر زبان‌ها بیفتند ولی اول مهر سال ۹۶ مذاکرات با وینفرد شفر در دبی صورت گرفت و همان گفت‌وگوها شرایطی را فراهم کرد تا در نهایت مدیران وقت باشگاه استقلال با این مربی برای هدایت آبی‌پوشان در ادامه لیگ هفدهم به توافق برسند.
شفر کارهایش را انجام داد و مدتی بعد به سوی تهران پرواز کرد. او تا اواسط بهار ۱۳۹۸ سرمربی استقلال بود و توانست با این تیم قهرمانی جام حذفی را هم جشن بگیرد اما پس از شکست مقابل پدیده مشهد برکنار شده و جای خود را به فرهاد مجیدی داد تا در نهایت کارش با باشگاه استقلال به شکایت کشیده شود.
