اوایل مرداد سال ۱۳۹۰ این شایعه مطرح شد که کریم باقری با پیشنهاد حضور در هیئت مدیره باشگاه تراکتور مواجه شده و علاوه بر آن، به او گفته‌اند که می‌تواند در سمت مشاور فنی هم با این باشگاه همکاری کند.
بلافاصله پس از طرح شایعه فوق، برخی از مدیران وقت باشگاه تراکتور آن را تکذیب کردند و همین اتفاق باعث عصبانیت آقاکریم شد. مربی کنونی پرسپولیس طی مصاحبه اختصاصی با خبرورزشی که پنجم مرداد سال ۱۳۹۰ منتشر کردیم، پیرامون این ماجرا گفت: حدودا دو ماه قبل و در بهار سال ۹۰ مدیرعامل تراکتور با من صحبت کرد و پیشنهاد داد عضو هیئت مدیره این باشگاه شوم ولی نمی‌دانم چرا حالا آن را تکذیب کرده‌اند. بهتر است دلیل چنین حرکتی را از خود مدیرعامل باشگاه بپرسید چون کریم باقری نباید در مورد تکذیب موضوعی حرف بزند که واقعیت داشته است. حتی در آن مقطع به آقای جعفری مدیرعامل باشگاه تراکتور هم گفتم که نمی‌توانم خیلی سریع تصمیم بگیرم و جواب بدهم ولی حالا با این اتفاقاتی که رخ داده، دیگر به پیشنهاد آقایان فکر نمی‌کنم و با صراحت می‌گویم حضورم در هیئت مدیره تراکتور منتفی شده است.
باقری در مورد عدم دریافت مطالبات خود از پرسپولیس بابت دهمین دوره رقابت‌های لیگ برتر نیز تصریح کرد: چند بار با باشگاه پرسپولیس تماس گرفتم اما نتوانستم با مدیرعامل صحبت کنم. شما خودتان اگر جای من باشید، ناراحت نمی‌شوید؟ نمی‌دانم چرا در پرسپولیس اینطوری با من برخورد می‌کنند! سال‌ها برای این تیم بازی کردم و فکر می‌کنم این‌طور برخوردها درست نیست. اگر قرار باشد چنین وضعیتی ادامه پیدا کند، اصلا بیخیال تسویه حساب می‌شوم چون شخصیتم اجازه نمی‌دهد برای چیزی که حق مسلم من است، بارها تماس بگیرم.
