مجتبی جباری اوایل تابستان سال ۱۳۹۲ از استقلال جدا شد و با صراحت گفت دلیل اصلی این اتفاق، اختلافش با علی فتح‌الله‌زاده مدیرعامل آن زمان باشگاه بوده است.
جباری نهم مرداد ۹۲ و در آستانه جدال رفت استقلال و سپاهان که او در آن با پیراهن زرد مقابل آبی پوشان قرار می‌گرفت، مصاحبه‌ای بسیار جنجالی انجام داد که بد نیست به چکیده حرف‌هایش دوباره نگاه کنیم:
- خیلی‌ها تلاش می‌کنند تا افکار عمومی را در مورد من تغییر داده و بگویند جدایی مجتبی جباری به خاطر پول بوده است ولی من هنوز بابت فصل گذشته پول قابل توجهی از استقلال طلب دارم و اساسا مشکل خاصی از لحاظ مسائل مالی نداشتم. تنها دلیل جدایی‌ام از استقلال، برخورد مدیریت باشگاه و یک‌سری مشکلات بود که از گذشته وجود داشت.
- خیلی‌ها در سال‌های اخیر همیشه انتظار داشتند من مقابل بی‌عدالتی و اتفاقات بد فوتبال واکنش نشان بدهم.
- در سالیان گذشته و به طور ویژه قبل از شروع لیگ دوازدهم امیر قلعه‌نویی باعث شد در استقلال بمانم. فتح‌الله‌زاده در آن مقطع برای تمدید قراردادم زیر حرفش زد و من هم گفتم برایت متاسفم که به عنوان مدیرعامل استقلال دروغ می‌گویی. او مرا هول داد و در پاسخ به او تاکید کردم دستش را به من نزند. بعد از این اتفاق، به پدرم توهین کرد و من هم با مشت به صورتش زدم. اگر آقای امیری معاون باشگاه میانجی‌گری نمی‌کرد، شاید اتفاقات بدتری رخ می‌داد. البته همانطور که گفتم، با تلاش امیر قلعه‌نویی در استقلال ماندم و لیگ دوازدهم را نیز بازی کردم اما اتفاقاتی رخ داد که دیگر امکان نداشت برای لیگ سیزدهم در استقلال بمانم.
- باشگاه استقلال رسما بیانیه داد و گفت مرا نمی‌خواهد. شما مصاحبه‌های آقای فتح‌الله‌زاده را ببینید و خودتان قضاوت کنید. واقعا ناراحتم که باشگاه بزرگی مثل استقلال باید چنین مدیری داشته باشد.
