یکی از پرونده‌های حقوقی پرسپولیس مربوط به شکایت استقلال خوزستان از این باشگاه است. ماجرا به زمان انتقال تیوی بیفوما برمی‌گردد؛ جایی که پیش از رسمی شدن قرارداد او، تفاهم‌نامه‌ای سه‌جانبه میان پرسپولیس، استقلال خوزستان و بیفوما امضا شد تا این بازیکن در ازای پرداخت مبلغی از سوی پرسپولیس به تیم تهرانی بپیوندد.
اما پرسپولیسی‌ها معتقدند قرارداد بیفوما با استقلال خوزستان در سازمان لیگ ثبت نشده و بنابراین نیازی به پرداخت پول رضایتنامه نیست. این اختلاف حالا حاشیه ساز شده و مدیران استقلال خوزستان خواهان دریافت مبلغ ۳۵۰ هزار دلار پول رضایتنامه شدند. کیوان بابادی مدیرعامل استقلال خوزستان بار دیگر پرسپولیس را تهدید به شکایت به فیفا کرد و گفت: امیدواریم موضوع بیفوما هرچه زودتر در داخل کشور حل شود تا مجبور به ارجاع پرونده به فیفا نشویم.اگر به فیفا برویم، شک نکنید که کار را دنبال خواهیم کرد. مبلغ ۳۵۰ هزار دلار برای باشگاه ما اهمیت بالایی دارد و می‌تواند حداقل ۳۰ درصد از قرارداد بازیکنان را پوشش دهد.
نکته جالب اینجاست که مدیران استقلال خوزستان چند ماه قبل قصد شکایت به فیفا را داشتند و حتی قرار بود وکالت پرونده را به سالواتوره چیواله، وکیل ایتالیایی باتجربه بسپارند. با این حال باشگاه خوزستانی نتوانست به دلیل مشکلات مالی پولی به وکیل ایتالیایی بدهد. از همین رو پرونده به فیفا نرفت.وکلای حقوقی و افراد مطلع معتقدند با توجه به امضای توافق نامه سه جانبه، پرسپولیس تحت هر شرایطی باید پول را به باشگاه خوزستانی پرداخت کند. فیفا امضای بازیکن زیر این قرارداد را به این معنا می داند که او قبول دارد با باشگاه سابقش قرارداد داشته است. از همین رو مدیران استقلال خوزستان مطمئن هستند که در این پرونده پیروز می شوند ولی به دلیل مشکلات مالی و هزینه های زیاد شکایت به فیفا و گرفتن وکیل، دوست دارند همینجا و به صورت دوستانه با باشگاه پرسپولیس به توافق برسند و پول رضایتنامه بیفوما را بگیرند.