انتقال مجتبی فخریان به پرسپولیس بدون شک یکی از پرحاشیه‌ترین انتقال های چند فصل اخیر این باشگاه بود. فخریان که از تیم شمس‌آذر به جمع سرخ‌پوشان پیوست، با افشای جزئیات قرارداد و مبلغ رضایت‌نامه‌اش به سوژه‌ای جنجالی در رسانه‌ها تبدیل شد.
ماجرا زمانی عجیب‌تر شد که مشخص گردید اسماعیل کارتال (سرمربی وقت پرسپولیس) اصلاً این بازیکن را در لیست خرید خود نداشته و مدیران باشگاه بدون هماهنگی با او اقدام به جذب فخریان کرده‌اند. در مقابل، درویش و مدیران وقت پرسپولیس در واکنش به انتقادات، تأکید کردند فخریان یک تلنت و استعداد آینده‌دار بوده و هدف از جذبش سرمایه‌گذاری برای سال‌های آینده است.
با این حال، عملکرد فخریان در پرسپولیس هرگز انتظارات را برآورده نکرد. او در مجموع تنها ۱۷ دقیقه برای تیمش به میدان رفت و پس از آن در دوران وحید هاشمیان هم فرصت بازی پیدا نکرد. نیمکت‌نشینی‌های پیاپی نه‌تنها باعث شد از ترکیب پرسپولیس دور بماند، بلکه حتی دیگر به تیم ملی امید نیز دعوت نمی شود.
به این ترتیب، انتقال فخریان بیش از آن‌که به سود پرسپولیس باشد، به نمونه‌ای از خریدهای بدون برنامه و فاقد هماهنگی در ساختار مدیریتی باشگاه تبدیل شد. بازیکنی که هزینه زیادی برای جذبش انجام شد ولی تا حالا یک نیمکت نشین و سکو نشین محض در پرسپولیس بوده است.