پس از اینکه امیر قلعهنویی در اواخر خرداد ۱۳۹۱ دوباره هدایت استقلال را بر عهده گرفت، فرهاد مجیدی از بازگشت به این تیم امتناع کرد و کاملا مشخص بود دو طرف رابطه گرمی با هم ندارند.
استقلال بدون مجیدی لیگ دوازدهم را استارت زد اما اصرار فراوان هواداران برای بازگشت فرهاد موجب شد تا هر دو طرف انعطاف نشان بدهند و از اواسط آذر سال ۹۱ بحث بازگشت فرهاد جدی شود.
سرانجام در اواخر آذر سال ۹۱ بازگشت مجیدی قطعی شد و اول دی همان سال خبری که طرفداران آبی ماهها انتظارش را میکشیدند، به گوش آنها رسید. فرهاد مجیدی دوباره به استقلال بازگشت و قرار شد پس از رسیدن به مرز آمادگی مطلوب بدنی برای این تیم به میدان برود. فرهاد دوم دی ۱۳۹۱ با تایید بازگشت خود به خبرنگاران گفت:
خوشحالم که دوباره به استقلال برگشتهام و مانند یک سرباز در کنار سایر نفرات برای موفقیت این تیم میجنگم. قرار بود برای برگزاری دورههای مربیگری پیشرفته راهی اسپانیا شوم اما آغاز دور برگشت لیگ دوازدهم و البته در پیش بودن جدال با پرسپولیس موجب شد قید این دوره مربیگری را بزنم و در تهران به صورت ویژه بدنسازی کنم.
مجیدی به استقلال برگشت و در دیدارهای باقیمانده لیگ دوازدهم نقش کاملا موثری برای قهرمانی این تیم ایفا کرد.
در همین ارتباط: قرارداد استثنایی قطریها با فرهاد مجیدی/ آمادهباش پرسپولیس برای جدال با کاپیتان استقلال