اختلافات میان امیر قلعهنویی و امیررضا واعظی آشتیانی آنقدر در بهار سال ۸۸ بالا گرفت که حتی با وجود قهرمانی استقلال در هشتمین دوره رقابتهای لیگ برتر، بازهم امیر حاضر نشد در این تیم بماند و برای لیگ نهم به سپاهان پیوست. قلعهنویی ۲۱ اردیبهشت ۱۳۸۸ و پس از قطعیشدن جدایی خود از استقلال حرفهای مهمی بر زبان آورد:
- در جریان بیانیه رسمی باشگاه مبنی بر پایان همکاری با من نیستم ولی جداییام از هفتهها قبل قطعی شده بود. دیگر در مورد استقلال حرفی ندارم.
- با توجه به بیانیهای که باشگاه استقلال صادر کرد، حالا دیگر از نظر اخلاقی هیچ معذوریتی ندارم و با وجدان راحت مذاکراتم را آغاز میکنم تا تیم جدیدی برای فصل آینده انتخاب نمایم.
- از سپاهان هیچ پیشنهادی نداشتم و مذاکرهای هم انجام ندادهام (البته امیر در نهمین دوره لیگ برتر سرمربی سپاهان بود و چند روز پس از همین مصاحبه، قراردادش را با این باشگاه امضا کرد!)
- از باشگاه پاختاکور ازبکستان پیشنهاد داشتم ولی اصلا برایم مهم نیست که مدیران کنونی باشگاه استقلال میخواهند آن را باور کنند یا نه!
- مجید جلالی قطعا بهترین گزینه برای هدایت استقلال در نهمین دوره لیگ برتر است (البته صمد مرفاوی در لیگ نهم هدایت استقلال را بر عهده گرفت)
بیشتر بخوانید: ملاقات تاریخی قلعهنویی با ناصر حجازی؛ به من پیغام دادند و گفتند به ملاقات نیا/ آتیلا جازی هواداران استقلال را قسم داد
