امیر قلعهنویی در بهار سال ۱۳۸۸ پس از قهرمان کردن استتقلال در هشتمین دوره رقابتهای لیگ برتر از سمت خود کنارهگیری کرد و مدعی شد سلایقش با امیررضا واعظی آشتیانی، مدیرعامل وقت این باشگاه کاملا متفاوت است.
از همان زمان به بعد رابطه قلعهنویی و استقلالیها سرد شد و کار حتی به مصاحبههای کنایهآمیز و تند نیز کشیده شد. در این میان روز ۷ مهر سال ۱۳۸۸ جشن سالگرد تاسیس باشگاه استقلال به میزبانی یکی از سالنهای همایش در شمال تهران برگزار شد و اتفاقاتی در آن به وقوع پیوست که دوباره آتش تقابل قلعهنویی و مدیران وقت استقلال را شعلهور کرد.
در بخشی از این مراسم، کلیپی از بزرگان استقلال پخش شد و تصاویر آنها به نمایش درآمد اما نکته مهم اینجا بود که نه در تصاویر پخششده خبری از عکس امیر قلعهنویی بود و نه مجری، نامی از او به میان آورد! این اتفاق در حالی رخ داد که امیر تا آن زمان علاوه بر اینکه دو بار استقلال را به عنوان سرمربی قهرمان لیگ برتر کرده بود، با این تیم در لباس بازیکن هم سابقه قهرمانی در ایران و آسیا را داشت!
قلعهنویی در واکنش به این ماجرا مصاحبه کنایهآمیزی کرد و گفت: حتما از نظر آقایان با استقلال به هیچ مقامی دست پیدا نکرده و کار خاصی در این باشگاه انجام نداده بودم که نامی از من نبردند. البته مهم هم نیست چون هواداران این تیم بهترین قاضی هستند و مردان زحمتکش را فراموش نمیکنند.
البته امیررضا واعظی آشتیانی، مدیرعامل وقت باشگاه استقلال، مرداد ماه ۱۴۰۵ پیرامون آن اتفاق به خبرورزشی گفت: من و مدیران ارشد باشگاه استقلال اصلا در جریان این ماجرا نبودیم و وقتی فهمیدیم که کلیپ پخش شده بود. همانجا افراد مسئول را مواخذه کردم و آنها مدعی شدند اشتباه سهوی بوده است! گفتم چطور در میان اینهمه چهره استقلالی، فقط اسم ایشان از قلم افتاد؟!