کریم باقری در زمانیکه برانکو ایوانکوویچ سرمربی تیم ملی بود از تیم ملی کشورمان خداحافظی کرده بود. در سال ۱۳۸۷ و موقعی که علی دایی روی نیمکت ایران قرار داشت، کریم باقری در ترکیب پرسپولیس بازی‌های درخشانی را از خود به نمایش گذاشت و همه کارشناسان مدعی بودند که این هافبک سرخپوش باید دوباره به تیم ملی دعوت شود.
باقری در جواب سوالات خبرنگاران که در روزنامه خبرورزشی ۲۳ مرداد سال ۱۳۸۷ در صفحه ۱۲ به چاپ رسیده بود، اینگونه عنوان کرد: کارشناسان به من لطف دارند اما در حال حاضر تنها به پرسپولیس و حضور موفق در لیگ برتر و لیگ قهرمانان آسیا فکر می‌کنم و تمام ذهنم به این تیم است.
کاپیتان آن زمان پرسپولیس در ادامه به ارتباطش با دایی سرمربی تیم ملی اشاره کرد و گفت: علی دایی از دوستان خوب من است، او هر زمانیکه نیاز به مشاوره داشته باشد با من تماس می‌گیرد و در خصوص اتفاقات فوتبال با یکدیگر گفتگو می‌کنیم. ما در طول هفته چند بار با هم در تماس هستیم.
مصاحبه مربی فعلی پرسپولیس در دهه ۸۰ را مشاهده می‌کنید:
