زمانی که علی خطیر در برنامه فوتبال برتر حضور داشت و مشغول مصاحبه بود، جواد نکونام چند بار به مجری پیام داد و به او گفت ادعاهای مطرح شده از سوی مدیر عامل درست نیست و هفته بعد به برنامه فوتبال برتر می‌آید تا پاسخ این ادعاها را بدهد. با این حال پیش بینی می‌شد جواد نکونام پیش از حضور در برنامه فوتبال برتر در مصاحبه یا صفحات مجازی پاسخ علی خطیر را بدهد اما او ۴۸ ساعت است که سکوت اختیار کرده و به نظر می‌رسد می‌خواهد در استقلال آتش بس باشد. برخی از تماشاگران استقلال و هم چنین از پیشکسوتان از جواد نکونام خواسته اند به جای دعوا با علی خطیر به دنبال جذب بازیکن دوم خارجی و هم چنین مهیای کردن تیم برای بازی با پرسپولیس باشد.
به زعم اینها در دعوای جواد نکونام و علی خطیر دودش به چشم استقلال میرود. البته علی خطیر در برنامه فوتبال برتر بارها و بارها از جواد نکونام خواست از حضور در برنامه فوتبال برتر امتناع کند و قید افشای اسرار استقلال در رسانه‌ها را بزند.
فعلا در استقلال بین جواد نکونام و علی خطیر آتش بس شده است. شاید سرمربی تیم استقلال به این نکته پی برده برخی از مشکلات استقلال که در گذشته هم وجود داشت و به علی خطیر ارث رسیده از حیطه توان مدیر عامل خارج است.
