صمد مرفاوی خرداد ماه سال ۱۳۸۸ برای دومین مرتبه سرمربی استقلال شد و این بار فرهاد مجیدی را به عنوان بازیکن در کنار خودش داشت. مجیدی در لیگ هشتم آن‌طور که باید انتظارات را برآورده نکرد اما مرفاوی به او اعتقاد فراوانی داشت و تاکید کرد حتما در استقلال بماند. با وجود این اما ارتباط این دو نفر در آن فصل گاهی به تنش هم کشیده شد. برای مثال خبرورزشی روز پنجم آذر ماه سال ۱۳۸۸ گزارشی از اختلاف سرمربی و مهاجم وقت استقلال منتشر کرد. ماجرایی که سوم آذر ماه رخ داده بود.

از قرار معلوم در آن روز مرفاوی به مهاجمان استقلال تاکید کرد پس از پایان تمرین داخل زمین بمانند تا به صورت اختصاصی با آن‌ها کار کند ولی در حالی که همه فورواردها مانده بودند، خبری از فرهاد مجیدی نبود و همین مسئله مرفاوی را به شدت عصبانی کرد طوری که از دستیارانش سراغ فرهاد را گرفت و این بازیکن ۱۰ دقیقه پس از این‌که بقیه مهاجمان داخل زمین ایستاده بودند به درون چمن آمد و با واکنش سرمربی مواجه شد. مرفاوی خطاب به مجیدی گفت: مگر نگفته بودم مهاجمان داخل زمین بمانند؟ مگر شما مهاجم تیم نیستی؟ فرهاد هم در جواب گفت: آقا من اصلا مصدومم ولی به خاطر این‌که شما می‌گویی تمرین می‌کنم. مرفاوی با شنیدن این حرف عصبانی شد و به مجیدی تاکید کرد نیازی نیست تمرین کند ولی باید چند دور، دور زمین بدود!

فرهاد مجیدی و صمد مرفاوی در بهار سال ۸۹ هم با هم دچار مشکل شدند اما قضیه با وساطت ناصر حجازی فقید جمع شد.