پس از این‌که آندرئا استراماچونی با مدیران وقت باشگاه استقلال در آذر ماه سال ۱۳۹۸ دچار مشکل شد، استقلالی‌ها چاره کار را در انتخاب یک سرمربی جدید دیدند و به همین خاطر روز چهاردهم دی ماه آن سال اعلام شد که فرهاد مجیدی به عنوان سرمربی جدید استقلال انتخاب شده است.
خبرورزشی در پانزدهم دی ماه سال ۹۸ خبری اختصاصی منتشر کرد که حکایت از ملاقات بازیکنان بزرگ آن زمان استقلال با فرهاد داشت. مجیدی بزرگترین ریسک ورزشی زندگی خود را با پذیرفتن هدایت استقلال پس از استراماچونی انجام داد و توانست استقلال را به مقام نایب قهرمانی لیگ نوزدهم برساند. تمرینات استقلال زیر نظر فرهاد هم از شانزدهم دی ماه آن سال استارت خورد.
در واقع مجیدی چهاردهم دی ۹۸ به عنوان سرمربی استقلال انتخاب شد و پانزدهم دی همه چیز پس از ملاقات او با بازیکنان جنبه قطعی به خود گرفت. فرهاد تا شهریور سال ۹۹ این سمت را بر عهده داشت و از اسفند ماه همان سال دوباره سرمربی‌گری آبی‌پوشان را پذیرفت.
