اواخر اسفند سال ۱۳۹۸ این خبر رسانه‌ای شد که پرونده شکایت وینفرد شفر از استقلال در آستانه صدور رای اولیه قرار دارد و کار قطعا تا مهر ماه سال ۹۹ به نتیجه نهایی خواهد رسید اما این باشگاه آن‌قدر درگیر مسائل داخلی و تعویض مدیران خود بود که ماجرا را جدی نگرفت. در چنین شرایطی یکی از مدیران وقت باشگاه استقلال که البته حالا دیگر سمتی در جمع آبی‌ها ندارد مدعی شد برخی قراردادها در زمان شفر که با تاکید این سرمربی بسته شد، غیرشفاف است و مسئله باید بررسی شود.
این حرف به‌شدت باعث ناراحتی سرمربی اسبق استقلال شد. مرد آلمانی در گزارشی که ۲۰ فروردین سال ۹۹ منتشر کردیم، از این حرف فوق‌العاده ناراحت بود و گفت: مدیران استقلال با این حرف به من تهمت دلالی زدند و اعتبار وینفرد شفر در عرصه فوتبال جهان را زیر سوال بردند. به خاطر این‌که به سلامت کاری من تهمت زده شده، علاوه بر شکایت اصلی، این پرونده را نیز در کمیته اخلاق فیفا پیگیری خواهم کرد.
اتفاقا شفر پرونده شکایت از استقلال را تا آخرین لحظه دنبال کرد و حتی یک دلار هم به این باشگاه تخفیف نداد. او که بهار سال ۱۳۹۸ از استقلال اخراج شده بود، قبل از پایان سال ۱۳۹۹ پول گزافی از این باشگاه دریافت کرد.
