مانوئل ژوزه در تابستان سال ۱۳۹۱ هدایت پرسپولیس را برای حضور در دوازدهمین دوره رقابت‌های لیگ برتر بر عهده گرفت و البته اصلا هم موفق نبود و قبل از پایان فصل ایران را ترک کرد.
مانوئل ژوزه که رویارویی‌های همه‌جانبه او با کارلوس کیروش در آن مقطع هنوز از خاطر اهالی فوتبال به ویژه هواداران پرسپولیس محو نشده، طی مصاحبه‌ای که ۲۰ شهریور ۱۳۹۱ منتشر کردیم حرف‌ها و ادعاهایی را بر زبان آورد که با واکنش گروهی از پیشکسوتان این باشگاه مواجه شد.
مانوئل در آن مصاحبه خطاب به بازیکنان وقت پرسپولیس گفت: من در دوران مربیگری خودم افتخارات زیادی کسب کرده‌ام و پول خوبی هم به عنوان پس‌انداز در جیبم دارم. مطمئن باشید اگر روزی از پرسپولیس بروم، قطعا در یک تیم دیگر مشغول به کار خواهم شد اما شما به عنوان بازیکنان پرسپولیس باید به فکر آینده خودتان باشید. من هم پول دارم و هم افتخار اما شما هنوز به افتخارات زیادی نرسیده‌اید و در جیبتان هم پول فراوانی نیست بنابراین شایستگی‌های خودتان را باور کنید و بدانید که می‌توانید کارهای بزرگی انجام بدهید.
