سرمربی آلمانی اسبق استقلال که با این تیم در بهار سال ۹۷ مقام قهرمانی جام حذفی را به دست آورده بود، کمتر از یک سال بعد از کسب این عنوان به خاطر کسب نتایج متزلزل کنار گذاشته شد و پس از آن رفتاری توسط گروهی از مدیران وقت باشگاه با او انجام شد که به شدت ناراحتش کرد.
شفر در نقل قولی که روز ۳۰ اردیبهشت سال ۹۸ از او در خبرورزشی منتشر شد با انتقاد از حرکتی که استقلالی‌ها در موردش انجام دادند، گفته بود: من ۵۰ سال است که در فوتبال هستم ولی تا به حال چنین رفتاری ندیده بودم. کاری که در استقلال با من شد انسانی نبود. در این باشگاه با آبروی من بازی شد. قضیه را به طور جدی از طریق فیفا دنبال می‌کنم و تمام حقوقم را می‌خواهم.
شفر بعد از برکناری در بهار ۹۸ می‌خواست با بازیکنان استقلال خداحافظی کند اما مدیران وقت باشگاه اجازه حضور او در تمرین را ندادند و این مسئله مرد آلمانی را به شدت عصبانی کرد. این مربی از استقلال به فیفا شکایت کرد و تمام مطالبات خود را دقیقا طبق رای صادرشده بدون حتی یک دلار تخفیف گرفت.
